Ab 1.1.2006 kann das Antoniusheim Münchshöfen ein weiteres Kapitel in seiner langjährigen Geschichte aufschlagen. Zu diesem Zeitpunkt wird die Katholische Jugendfürsorge der Diözese (KJF) die Trägerschaft über die große Behinderten-einrichtung für 103 Menschen mit Behinderung, die von 88 Mitarbeitern betreut werden, übernehmen. Der bisherige Träger, der Bischöfliche Stuhl von Regensburg, hatte bereits im Jahr 2002 einen Kooperationsvertrag mit der KJF geschlossen, der das Ziel hatte, die Einrichtung bei der Konzeptionsentwicklung, beim Aufbau eines Qualitäts-managementsystems und bei den Pflegesatzverhandlungen zu beraten. Die Anbindung an die KJF ist ideal, weil sie bereits zahlreiche Einrichtungen in der Behindertenhilfe und der Beruflichen Rehabilitation in ihrer Trägerschaft hat.
Seit der Neukonzeption des Antoniusheimes Münchshöfen im Jahr 2001 besteht das Haus aus zwei großen Bereichen: Der Bereich „Wohnen“ verfügt über drei Wohnpflegegruppen für 33 behinderte Menschen sowie vier Wohngruppen, in denen insgesamt 53 Plätze der Eingliederungshilfe zur Verfügung stehen. Im Bereich „Arbeit und Beschäftigung“ werden 18 Teilnehmer in drei Gruppen der Förderstätte betreut, es bestehen Zuverdienstmöglichkeiten in der Küche, in der Wäscherei und im Bereich der Haustechnik. Darüber hinaus werden für die Senioren tagesstrukturierende Maßnahmen angeboten. Einige Bewohner nutzen aber auch die Möglichkeit, in einer Werkstätte für behinderte Menschen außerhalb des Hauses einer Beschäftigung nachzugehen.
Bis zum Jahr 2005 waren die Franziskusschwestern im Antoniusheim tätig. Sie wurden im Rahmen der 75-Jahr-Feier verabschiedet und kehrten in das Mutterhaus oder in konventeigene Einrichtungen zurück. Die Ordensschwestern wirken hier seit 1930 als Pfarrer Georg Stelzer das ehemalige Kurhotel „Bad Münchshöfen“ erwarb und das Antoniusheim Münchshöfen gründete. Pfarrer Stelzer leitete die Einrichtung, in der Frauen mit einer geistigen oder psychischen Behinderung von den Franziskusschwestern aus Vierzehnheiligen betreut wurden. Als Pfarrer Georg Stelzer im Jahr 1946 verstarb, übernahm der Bischöfliche Stuhl von Regensburg die Trägerschaft und die Leitung wurde den Franziskusschwestern übertragen. Bei der Generalsanierung in den Jahren 1989 bis 1992 entstanden in drei Gebäuden sieben Wohngruppen mit modernen zeitgemäßen Ein- und Zweibettzimmern für 103 Frauen und Männer. Im Jahr 1992 wurde die Förderstätte eröffnet. Im Jahr 1997 gaben die Franziskusschwestern die Leitung in weltliche Hände. Seit dieser Zeit ist der Sozialpädagoge Gerhard Schill in Leitungsverantwortung.
Am vergangenen Freitag kam der Bischöfliche Administrator Harald Eifler nach Münchshöfen, um die Mitarbeiter persönlich über den Trägerwechsel zu informieren. Prälat Dr. Josef Schweiger, Direktor der KJF, stellte gemeinsam mit leitenden Mitarbeitern die Katholische Jugendfürsorge vor und freute sich, dass man sich bereits in den vergangenen drei Jahren im Rahmen der Kooperation näher kommen und kennen lernen konnte.