Für Markus Rupprecht ist es die erste Amtszeit als Prorektor, für Stefan Baier die dritte Amtszeit als Rektor. Der Rektor wird vom Senat gewählt und wird dann durch den Stiftungsrat bestätigt.

Professor Markus Rupprecht ist Dozent für Orgel an der HfKM Regensburg, er studierte Kirchenmusik, Orgel und Cembalo an der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg bei Stefan Baier, Franz Josef Stoiber und Johannes Hämmerle. Während seines Studiums erhielt er Preise und Auszeichnungen, unter anderem beim Bayreuther Chorleitungswettbewerb sowie beim Deutschen Musikwettbewerb in der Kategorie Orgel. Als Kirchenmusiker war Markus Rupprecht unter anderem am Dom zu Eichstätt sowie an der Benediktinerabtei Scheyern tätig.